Các Chi nhánh trực thuộc gồm:
1. Chi nhánh Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Bến Tre – Trạm số 1.
Địa chỉ: Ấp 5, xã Bình Thành, huyện Giồng Trôm, tỉnh Bến Tre.
Điện thoại: 0275.3861014 – Fax: 0275.3861014
2. Chi nhánh Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Bến Tre – Trạm số 2.
Địa chỉ: Khu phố 7, Thị trấn Mỏ Cày, huyện Mỏ Cày Nam, tỉnh Bến Tre;
Điện thoại : 0275.3843387 – Fax: 0275.3843387
3. Chi nhánh Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Bến Tre – Trạm số 3.
Địa chỉ: Khu phố 2, phường Phú Tân, thành phố Bến Tre, tỉnh Bến Tre.
Điện thoại : 0275.3824950 – Fax: 0275.3824950
4. Chi nhánh Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Bến Tre – Cụm Ba Tri.
Địa chỉ: Khu phố 2, thị trấn Ba Tri, huyện Ba Tri, tỉnh Bến Tre.
Điện thoại : 0275.3850337
5. Chi nhánh Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Bến Tre – Tổ quản lý Cống đập Ba Lai.
Địa chỉ: Ấp Bình Thạnh 3, xã Thạnh Trị, huyện Bình Đại, tỉnh Bến Tre.